Nykyään ihmiset, jotka haluavat lähettää tavaroita (tai siirtää ihmisiä), ymmärtävät todennäköisesti, että se ei aina ole järkevää pysyä vain yhdessä liikennemuodossa. Esimerkiksi rahti voidaan purkaa aluksesta kuorma-autoon, joka siirtää sen racingardiin, josta se siirretään koko maassa junalla. Intermodaalikuljetus voi olla tehokkaampaa ja halvempaa; Joissakin tapauksissa sillä on kuitenkin huomattavia haittoja nopeuden ja luotettavuuden kannalta.
Nopeus
Vaikka intermodaalinen kuljetus tarjoaa etuja suhteellisen alhaisista kustannuksista muihin menetelmiin verrattuna, se saa sen uhraamalla nopeuden; Aina kun rahti siirretään suhteellisen hitaamalle matkalle, esimerkiksi juniin, jotka toimivat kiinteillä kiskoilla, jotka eivät välttämättä tarjoa suoraa reittiä, kun tiet kuljettavat kuorma, se hidastuu. Huipputehokkuuden varmistamiseksi intermodaalikuljetusten on myös vähennettävä aikaa, joka kuluu varastoissa odottamaan uuden kuljettajan saapumista tai lastin purkamista.
Luotettavuuden puute
Koska intermodaalikuljetukset ovat riippuvaisia useammasta kuin yhdestä kuljetustavasta, yleinen luotettavuus on myös alhaisempi; kun eri liikenneketjujen ketju kasvaa, myös ketjun katkeamisen mahdollisuus lisääntyy. Tämä on erityisen ongelmallista, kun yksi liikennemuodoista on rautateitä; rautatiet ovat alttiimpia huonojen sää- tai laitevikojen aiheuttamille viiveille. Tästä syystä luotettavia ja nopeita kuljetuksia vaativat rahdinantajat eivät todennäköisesti ota huomioon intermodaalijärjestelmiä.
Vahingoittaa
Aina kun rahti on sekoitettava, rahdinantajat vaarantavat vahingon mahdollisuuden, koska rahti siirretään yhdestä kuljetustavasta toiseen. Onneksi tämä vaara voidaan lieventää, mutta siihen liittyy yleensä ylipainotus lisäämällä enemmän tukevia ja suojaavia materiaaleja kuin tavallisesti katsotaan riittäväksi. Tämä lisäpaino ja -kulut vastustavat osittain intermodaalisen kuljetuksen etuja energiatehokkuuden ja kustannusten suhteen.
Korkeat infrastruktuurikustannukset
Intermodaaliset rahtikuljetukset kärsivät myös suhteellisen suurista infrastruktuurikustannuksista. Säilytys on alentanut tavaroiden kuljetuksen kustannuksia ja vaikeuksia standardoimalla niiden muotoa; rahdinantajat voivat helposti siirtää saman kontin aluksesta junaan kuorma-autoon. Näiden säiliöiden käsittely edellyttää kuitenkin, että rahdinantajilla on raskaat nosturit ja laitteet, joita tarvitaan suurten konttien käsittelyyn; tätä infrastruktuuria ei välttämättä ole kaikissa paikoissa, erityisesti kehitysmaissa.