Johdon kirjanpito voi olla tehokas väline liiketoiminnan suunnittelussa, strategisessa kehittämisessä ja sisäisessä seurannassa. Samalla on olemassa mahdollisia ongelmia, joita voi syntyä pelkästään johdon kirjanpitotietojen perusteella. Pelkästään johdon kirjanpito voi olla vaarallista ja johtaa liiketoimintaan väärään suuntaan. Johtajien on oltava tietoisia johdon kirjanpidon haitoista, jotta he voivat arvioida toimitettuja tietoja kriittisellä tavalla. Johtajat, jotka voivat tehdä tämän, voivat käyttää johdon kirjanpitotietoja yhdessä muiden tietojen kanssa, jotta he voivat tehdä tietoon perustuvia liiketoimintapäätöksiä.
Standardoinnin puute
Taloudellinen kirjanpito on hyvin standardoitu, ja tilinpitäjät käyttävät suuntaviivoja, kuten yleisesti hyväksyttyjä kirjanpitoperiaatteita (GAAP). Tätä vasten hallintolaskennalla ei ole vakiomenettelyjä. Johdon kirjanpitäjä voi laatia omia järjestelmiä ja mittareita arvioidakseen organisaation taloutta. Tämän haittana on se, että yksi kirjanpitäjän menetelmä voi vaihdella suuresti toisesta menetelmästä. Tämä voi johtaa epäjohdonmukaisuuksiin siitä, miten taloudelliset vertailuarvot ja arvioinnit mitataan. Se edellyttää myös, että kirjanpitäjät ovat paljon tietoisempia ja kykenevät tulkitsemaan muiden kehittämiä kirjanpitojärjestelmiä.
Kvantitatiivista informaatiota painotetaan liikaa
Määrälliset tiedot voivat olla arvokkaita perusteltujen liiketoimintapäätösten tekemisessä. Johdon kirjanpito keskittyy kuitenkin vain määrällisiin toimenpiteisiin ja jättää huomiotta tekijät, joita ei voida mitata dollareina ja sentteinä. Voi esimerkiksi näyttää olevan järkevää siirtää tuotantolaitos alueelle, jossa palkkakustannukset ovat alhaisemmat. Johdon kirjanpito voi laskea palkkojen säästöt ja tietyt kustannusten nousut (esimerkiksi kuljetus- tai tuontitullit). Johdon kirjanpito ei kuitenkaan voi olla sellainen asia, kuten alueen jäsenten liikearvoon liittyvät säästöt, tai tällaisesta päätöksestä johtuvat PR-ongelmat. Johdon kirjanpito on hyvin järkevä, mutta joskus täysin järkevä voi olla haitta.
subjektiivisuus
Johdon kirjanpito mahdollistaa paljon subjektiivisuutta, kun luodaan mittareita ja menetelmiä suorituskyvyn mittaamiseksi. Tämä on ongelmallista, koska kirjanpitäjän henkilökohtaiset uskomukset ja puolueet voivat vaikuttaa siihen, miten suorituskykyä mitataan. Jos esimerkiksi työntekijöiden tuottavuuden mittaamiseen tarvitaan hallintotili, hän voi keskittyä yksinomaan tuotoksiin eikä ota huomioon työntekijöiden panoksia, joilla voi olla syvällinen vaikutus kokonaistuottavuuteen. Tämä vaikuttaa sekä yritykseen että työntekijöihin. Yhtiö vaikuttaa, koska sen käyttämä tieto ei ehkä ole paras ja työntekijät voivat vaikuttaa, jos he tuntevat, että heitä ei arvioida oikeudenmukaisesti.